主人公達が入学し、日常生活を営む場となる「魔導院 ペリシティリウム・朱雀」。 FFアギト13の物語は、主人公がこの学園に入学するシーンから始まる。 学園の生徒達は全員赤を基調とした制服を着ており、一見すると現実世界の学園と同じような風景が広がっている。 魔導院の建物の正面中央には「XIII」という文字が刻まれており、「12人（と謎の1人）」「13のクラス」という設定とリンクしているのではないかと思われる。 魔導院に掲げられている時計も、12時（XII）ではなく13時（XIII）まで数字が刻まれてる。 FFアギト13の物語は主人公達の学園入学から始まり、学園生活、学園の卒業、そしてその後本来の目的に向かっていく先まで描かれる。 ちなみにこの魔導院は主人公達にとって学園の寮のような存在であり、ミッションをこなすための「基地」ではない。 現在はまだ公開されていないが、「ペリシティリウム」以外の学園もあるようだ。 魔導院と外世界 切り立った崖の上に建つ、壮厳かつ美しい聖堂のような大きな建物。 しかしその魔導院の建物周囲に他の建造物は見当たらず、大破した飛空艇の残骸や紅く光るガーゴイルの様な魔物がうごめく荒れ果てた大地が広がっている。

生徒達は13のクラスに分かれ厳しい規律の下、日々訓練を行っている。 彼らが何を学んでいるのかは不明だが、彼らは「ある目的」のため学園で学んでいくことになるという。 そして彼らの本来の目的は学園の卒業後にあり、ゲームのストーリーは学園卒業後も続くようだ。 その「目的」とは何なのか。スクエニパーティ2007のクローズドメガシアターでの公開映像によると、彼らの目的はクリスタルが選ぶという世界を平定に導く「アギト」と呼ばれる存在になることなのではないかと思われる。

「ファブラノヴァクリスタリス」各タイトルの共通点の一つである「クリスタル」。 FFアギト13の物語ではクリスタルが複数存在し、それぞれ潜在意識を持つことが明らかにされている。 魔導院の生徒である主人公達はそのクリスタルを守護する立場であり、そのクリスタルから様々な恩恵を受けて平和や秩序の維持に務めている。 また、クリスタルとの契約により様々な行動が可能になることも明かされており、その重要なキーワードとされているのが「血の契約」である。

現在までには主人公（カード使いの少年）がクリスタルとの契約によって武器（カード）を得るシーンと共に、 院内に安置されたクリスタルが砕け魔導院の周囲に衝撃が伝わるシーンが公開されている。

スクエニパーティ2007のクローズドシアターでの映像で新たに判明した、大陸「オリエンス」の存在。
「魔導院ペリシティリウム・朱雀」は「オリエンス」という名の大陸の南方に位置する都市「ルブルム」に存在するようだ。
「オリエンス」とは「一つの都市とその周辺地域が、独立した政体として一つのまとまった形態をなす国家」という意味を持つ。
これはあくまで推測だが、大陸「オリエンス」には東西南北それぞれに都市があり、その都市それぞれに魔導院があるのではないだろうか。
加えて南方の都市ルブルムに存在するとされる魔導院 ペリシティリウム 朱雀の「朱雀」という単語。
「朱雀」とは中国の伝説上の神獣（神鳥）で、北の玄武（げんぶ）、西の白虎（びゃっこ）、東の青龍（せいりゅう）と並び南方を守護するとされる四神の一つ。
これに基づき、大陸オリエンスには東西南北に四つの都市があり、それぞれ「ペリシティリウム・朱雀」に並ぶ「白虎」「玄武」「青龍」と名の付いた魔導院が存在していると思われる。
（実際に野村氏は「魔導院はペリシティリウムだけだとは限らない」といった発言をしている）
更に、「朱雀」と都市名「ルブルム（rubrum）」は共に「赤」を連想させる単語、そして魔導院 ペリシティリウム・朱雀の生徒達の制服の色も「赤」。
つまり「赤」は都市ルブルムと魔導院ペリシティリウム・朱雀の「色（イメージカラー）」であり、四方に分かれる各都市（と魔導院）にはそれぞれの「色」があるのではないかと思われる。
ちなみに中国ではそれぞれ南の朱雀が赤、北の玄武が黒、西の白虎が白、東の青龍が青を意味すると考えられている。
詳しくは以下のサイトを参照。

• ウィキペディア：四神
• ウィキペディア：朱雀